Een belangrijk uitgangspunt in biologische landbouw is de vruchtbaarheid van de bodem. Bij de groei van gewassen verbiedt het keurmerk om deze reden kunstmest en herbiciden en beperkt het de inzet van overige pesticides en reinigingsmiddelen. Daarnaast verplicht het gewasrotatie en stelt het eisen aan de herkomst en eigenschappen van het zaad. Ook moeten gangbare en biologische producten bij zowel teelt, oogst, opslag als transport gescheiden worden.

Het biologische keurmerk stelt speciale eisen aan pluimvee, die verschillend zijn voor leghennen, opfokhennen en vleespluimvee (vleeskuikens, parelhoenders, eenden, kalkoenen en ganzen). Het houdt rekening met de specifieke behoeften van ieder type dier. 'Biologisch' stelt voor deze verschillende typen pluimvee eisen aan de herkomst van de dieren, huisvesting en uitloop, diervoeding, gezondheidszorg en de slachtleeftijd. Een deel van de eisen gaat over dierenwelzijn; biologische dierlijke producten krijgen altijd 3 sterren van het Beter Leven kenmerk.

Biologische vis is altijd kweekvis; wilde vis kan niet biologisch worden gecertificeerd. Het biologische keurmerk stelt eisen aan de herkomst van jonge visjes (juvenielen), het visvoer, de slachttechnieken, en kweeksystemen (waarbij ook rekening gehouden wordt met het risico op ontsnapping van kweekvis). Een deel van de eisen gaat over dierenwelzijn; vissen worden gehouden in een omgeving met een bodem die zo natuurgetrouw mogelijk is en in water met voldoende zuurstof.