De basis is gelijk aan de eisen voor het Europese keurmerk voor biologische landbouw, waarvan EKO een van de grondleggers is. Daarbovenop stelt EKO sinds maart 2016 de aanvullende eis dat boeren, verwerkers en handelaren elke 3 jaar concrete verbeterdoelen formuleren op ten minste twee duurzaamheidsthema’s uit de EKO-code. Boeren kunnen uit 8 thema’s kiezen, verwerkers en handelaren uit 10 thema’s. Thema’s in de EKO-code zijn bijvoorbeeld: energie en klimaat, dierenwelzijn en diergezondheid, biodiversiteit, natuur en landschap, eerlijke handel en andere sociale aspecten.

Een belangrijk uitgangspunt in biologische landbouw is de vruchtbaarheid van de bodem. Bij de groei van gewassen verbiedt het keurmerk om deze reden kunstmest en herbiciden en beperkt het de inzet van overige pesticides en reinigingsmiddelen. Daarnaast verplicht het gewasrotatie en stelt het eisen aan de herkomst en eigenschappen van het zaad. Ook moeten gangbare en biologische producten bij zowel teelt, oogst, opslag als transport gescheiden worden.

Het keurmerk Biologisch stelt voor rundvlees, koeienzuivel en paardenvlees eisen aan de herkomst van de dieren, huisvesting en weidegang, diervoeding en gezondheidszorg. Hierbij wordt rekening gehouden met de specifieke behoefte van ieder type dier. Een deel van de eisen gaat over dierenwelzijn; biologische dierlijke producten krijgen altijd 3 sterren van het Beter Leven kenmerk.

Biologische vis is altijd kweekvis; wilde vis kan niet biologisch worden gecertificeerd. Het biologische keurmerk stelt eisen aan de herkomst van jonge visjes (juvenielen), het visvoer, de slachttechnieken, en kweeksystemen (waarbij ook rekening gehouden wordt met het risico op ontsnapping van kweekvis). Een deel van de eisen gaat over dierenwelzijn; vissen worden gehouden in een omgeving met een bodem die zo natuurgetrouw mogelijk is en in water met voldoende zuurstof.